Первые упоминания о Перадении относятся к 1371 году, когда по указу короля Викрема Баху III здесь высаживались плодовые деревья и пряные растения. Однако настоящим Королевским садом Перадения стала значительно позже – при короле Кирти Шри (1747-1780). Следующий король включил Перадению в территорию своей резиденции и даже построил здесь монастырь (вихара) и дагобу (ступу).
        С приходом британцев в 1803 году дагоба и монастырь были разрушены, а на месте сада установлена минифабрика по переработке плодов и фруктов в алкогольные напитки. К счастью, это продолжалось недолго, и в 1821 году правительство одобрило предложение английского ботаника Муна учредить на месте резиденции последнего кандийского короля ботаническое учреждение. Мун был садовником Королевского Сада Кью в Англии.

        Однако Перадения – не самый старый ботанический сад на острове. Первые попытки были предприняты еще предшественниками британцев – голландцами. Но их интересовали исключительно те культуры, которые имели ценность в Европе. Место, которое было ими выбрано в Коломбо, тоже оказалось не совсем удачным. Затем в 1796 году, с момента правления британцев, первым губернатором острова Цейлон Фредериком Нортом был разбит его собственный частный сад в Пелиягоде. На должность главного садовника был вызван из Англии служащий Министерства естествознания и сельского хозяйства Джозеф Джоинвилл. В 1804 году, во время отсутствия садовника, генерал Макдауэл выписал экзотические растения из Ботанического сада в Калькутте, но в настоящий ботанический сад это место так и не превратилось.
        Позднее, в 1810 году, директор Королевского Ботанического сада Кью Джозеф Бэнкс выдвинул идею устройства ботанического сада на Цейлоне. Любопытно, что в числе главных причин для организации этого предприятия Бэнкс называл поддержание престижа британского правления путем выращивания и продвижения на рынок растений, традиционно используемых местным населением в аюрведе. В результате первый английский ботанический сад был основан на Цейлоне 11 августа 1812 года, опять в Коломбо. Его директором был назначен Уильям Керр (умер в 1814 г.). На следующий год при разливе рек сад был затоплен, поэтому новый сад в 1814 году перенесли в район Калутары. Теперь идея ботанического собрания растений уступила коммерческой направленности: в саду в промышленном масштабе стали высаживать деревья и растения, приносящие экономическую выгоду британцам.
        В 1817 году на место управляющего садами в Калутаре назначен Александр Мун, а за два года до этого вся провинция Канди перешла под юрисдикцию британцев. Чрезвычайные успехи первых экспериментальных посадок в Перадении, на месте бывшей королевской резиденции, вдохновили Муна предложить перенести сад в Перадению. Таким образом, годом основания Королевского Ботанического сада в Перадении считается 1821 год.
        Александр Мун очень энергично взялся за дело, и уже в 1824 году был опубликован первый каталог, который включал 1127 наименований растений с указанием их латинских и местных названий. В этом же году был создан национальный гербарий, но пересадка растений из округа Калутара продолжалась вплоть до 1845 года. Целью британских властей, по-прежнему, было создание, в первую очередь, экономического сада. Эти идеи подогревались английскими предпринимателями, имевшими сильное влияние на губернатора Цейлона.
        Еще в 1820 году некто Эдвард Барнс, активно пропагандировавший выращивание кофе на острове, заложил первые кофейные плантации в округе Ганнорува, которые были его личной собственностью. Успех начатого дела позволил ему стать директором Ботанического сада в Перадении, а Александр Мун остался в должности управляющего ботаническим отделом. Политика выжимания британцами всех соков из новой колонии породила конфликт в выборе стратегической направленности сада. Александру Муну постоянно напоминали, что экспорт – главная задача, а ботаническими исследованиями можно заниматься попутно. Достижения в деле выращивания кофе, которое внедрялось повсеместно, кардинально изменили всю структуру сельского хозяйства острова.
        Однако сложилось так, что на место директора Ботанического сада в 1844 году назначают Джорджа Гарднера, который всего за 5 лет (умер в 1849 г.) произвел много важных изменений в планировке сада, но главной его заботой был сбор и изучение местной флоры. Неоценимой заслугой Гарднера является то, что сад стал относительно независимым от влияния английских бизнесменов, что в перспективе сделало сад тем, чем он стал сегодня.
        Его преемником на посту руководителя сада стал в 1849 году доктор Туэйтс, который пробыл в этой должности более 30 лет. За время его директорства сад получил международное признание, были изучены и внедрены многочисленные неизвестные для европейцев виды местных растений. Уже через два года после прихода Туэйтса сад поставлял молодые саженцы хлебного дерева, кокосов и других растений в другие ботанические сады мира. При его непосредственном участии были заложены ботанические сады Хенаратгода и Хакгала, которые первоначально преследовали разведение соответственно гевеи и чинчоны. В 1869 году все кофейные плантации были заражены грибковым вирусом, вследствие чего от идеи выращивания кофе на острове пришлось отказаться.
        В последующие годы руководство Королевским Ботаническим садом сменялось одно за другим, но каждый из директоров вносил свой вклад в развитие предприятия. В 1893 и 1900 г.г. вышли последовательно первый и второй тома большой научной работы «Руководство к флоре Цейлона». В 1912 г. на базе сада в Перадении создан Департамент сельского хозяйства и ботанических садов. Сегодня реструктуризация управления садами позволила выделить Департамент национальных ботанических садов в самостоятельное подразделение (2006 г.).
        С каждым годом внимание к ботаническим исследованиям в Шри Ланке со стороны правительства только повышается, а общее дело, благодаря этому, получает новые стимулы к развитию. Сейчас Перадения – огромное предприятие с собственным научно-исследовательским институтом, со множеством спеализированных отделов. В саду разработаны программы обучения населения и студентов соседнего университета в Канди по ботанике и ландшафтному проектированию, постоянно проводятся ботанические экскурсии для школьников. Площадь сада составляет сегодня около 60 га, на ней высажено почти 4800 видов растений со всего мира, из них 3770 видов – цветущие. 920 видов (28%) – эндемики. Ежегодно посещают сад около 1,5 миллионов человек.